एनआईएमआर की जंतु-गृह सुविधा एक सुस्थापित केंद्रीय सुविधा है, जिसका उद्देश्य संस्थान में जन्तु आधारित प्रयोगों को शामिल करते हुए अनुसंधान गतिवधियों करना है। मुख्य रुप से, यह मलेरियारोधी यौगिकों की जांच, परजीवी एवं कीटगृह रखरखाव, प्रतिरक्षा विज्ञानीय अध्ययन, और ऐसी ही अन्य अनुसंधान गतिविधियों के लिए बाल्ब/स चूहे एवं न्यूजीलैंड खरगोश जैसे छोटे प्रयोगशाला जन्तुओं का रखरखाव करती है। ऐसे प्रोजेक्ट जिनमें जंतु प्रयोग शामिल होते हैं, उनमें विज्ञानीय सलाहकार समिति (सैक) एवं संस्थान की जंतु नीतिविषयक समिति (आईएईसी) द्वारा प्रोजेक्ट का अनुमोदन किए जाने के बाद ही अनुसंधानकर्ताओं द्वारा किया जाता है।